Можно ли найти митохондриальную Еву для человека и шимпанзе?

Положение на древе гаплогрупп мтДНК гаплогрупп M и N, распространенных в Евразии, относительно гаплогрупп L, распространенных преимущественно или исключительно в Африке. Древо построено по нуклеотидным последовательностям всей мтДНК. Длина ветвей древа в среднем соответствует числу мутаций.
Из статьи Behar et al. The Dawn of Human Matrilineal Diversity. American Journal of Human Genetics. 2008. 82 (5): 1130–1140. Полный текст статьи здесь
http://www.cell.com/ajhg/fulltext/S0002-9297%2808%2900255-3

И найдены ли у индейцев гаплогруппы (и Y-DNA, и mtDNA), которые можно бы сблизить с теми, что у австралоидов? 

Олег Балановский: Касательно наличия или абсолютного отсутствия меланезийского антропологического компонента у индейцев Южной Америки говорить не берусь (я не антрополог), но отмечу, что саму идею того, что мог существовать поток генов в Америку со стороны Тихого океана, генетики позаимствовали у антропологов. 

Нет, гаплогрупп мтДНК или Y-хромосомы меланезийско-австралоидного круга у индейцев нет.  Генетические указания на возможность такой миграции основаны только на аутосомных маркерах. Более того, как подробно описано на генофонд.рф, из двух исследований, обнаруживших такие указания, более подробное и основательное предполагает миграцию не в Южном полушарии (поперек Тихого океана), а вокруг всего Тихого океана - сначала вдоль азиатского побережья на самый север, а потом вдоль американского на юг. А такой маршрут миграции ничем не отличается от основной (вероятнее всего, и единственной) волны заселения Америки из Сибири. Единственное дополнение - что в эту волну, состоявшей главным образом из северных прото-монголоидов, похоже, затесалось какое-то количество намного более южного (меланезийского) компонента. 
В этой связи было бы интересно, например, на геномы айнов посмотреть. Но даже если у них этого компонента и не обнаружится, лично я все равно скорее поверю в верхнепалеолитическую миграцию протомеланезийцев в Сибирь (тем более, что это могла быть не прямая миграция, а обычный поток генов через посредство населения Восточной Азии), чем в миграцию полинезийцев в Америку в историческое время. 

Vladimir Melnikov (Youtube): Вопросы про "митохондриальную Еву" (или Lucky Mother, LM).

1) Действительно ли на той самой LM сходится всё ныне живущее человечество?

Светлана Боринская: Да, именно так. Ее мтДНК является предковой для мтДНК всего ныне живущего человечества. А другие ее современницы - предки для других частей генома. По некоторым оценкам, таких современниц, ДНК которых дошли через их потомков до сегодняшних дней, было несколько тысяч.

2) Означает ли это что мы не можем выделить LM для хомо и шимпанзе (типа Lucky Проконсул)?

Светлана Боринская: Нет, это не так. LM для Homo и шимпанзе найти можно. Мы можем выделить "митохондриальную Еву" (или LM) для любой прапрапра-...бабушки, если ДНК их потомков из сходящихся к ним ветвей родословного древа доступна для анализа. Конечно, при углублении в прошлое реконструкция будет все менее и менее точной. Дело в том, что за продолжительное время мутации в конкретной позиции могли возникать несколько раз, поэтому не всегда удается определить, какой именно нуклеотид находился в конкретной позиции. Реконструированная последовательность мтДНК будет содержать позиции с неопределенными нуклеотидами, и чем дальше в прошлое, тем больше таких позиций.

3) Можно ли, (и делают ли) исследования для людей, желающих узнать глубину своего родства друг с другом? т.е. генетически определить что семьи двух неявных родственников пересекались какое-то измеримое количество лет (или поколений) назад?

Светлана Боринская: Да, такие исследования проводят. Сейчас построено родословное древо по мтДНК для всего человечества (см. рис.), поэтому каждый может найти свое место на нем, и пересечение собственной веточки с любой другой.

4) Исследования 80х годов проводились над людьми из разных концов земли. А что будет, если взять коренное население какого-то крупного города/страны? Делалось ли это для закрытых групп типа горных обитателей и что это может дать полезного?

Светлана Боринская: Численность городского населения росла не столько за счет рождения младенцев в семьях горожан, сколько за счет притока населения из ближних и дальних краев. Доля коренного населения любого крупного города очень невелика - большУю часть составляют потомки приезжих. По ДНК можно установить, откуда приехали предки нынешних москвичей или петербуржцев или нью-йоркцев.

5) Какая в принципе научная польза от этой LM? Какие фундаментальные выводы смогли сделать получив результаты эксперимента (кроме географического места)?

Светлана Боринская: Научная польза от этого - понимание закономерностей изменения ДНК в поколениях и разработка инструментов изучения популяционной истории человечества, реконструкция основных путей и дат расселения человека по Земле.

Кроме научной пользы, есть и вполне практическая. Географическое распределение линий (гаплогрупп) мтДНК и Y-хромосомы используют в криминалистике. В частности, именно это подход помог быстро идентифицировать исполнителя Домодедовского теракта (вот здесь об этом
рассказано).

6) Над чем сейчас работают палеогенетики в глобальном плане?

Светлана Боринская: На протяжении почти 30 лет реконструкция расселения человечества проводилась на основе изучения ДНК ныне живущих людей. В последние годы новые технологии анализа ДНК сделали доступным исследование древних останков, которое раньше было очень дорогим и технически мало доступным. Некоторые миграции можно реконструировать только по древней ДНК. А те, которые реконструированы по современным ДНК, необходимо "привязать" к территориям через анализ древних ДНК.

7) оффтоп. Слышал, что сейчас можно сделать генетическое исследование на расовую принадлежность. Выделяют конкретно ген "еврейства" - на сколько процентов материал еврей, а что с другими расами, имеют ли они яркую выраженность в геноме? очень интересно узнать сколько во мне какой крови течет :)

Светлана Боринская: Генетическое исследование сделать можно, но более корректно формулировать классификацию не в терминах расы, а в терминах географического региона происхождения предков или этнорегиональных групп. Расу (биологический признак) и этническую принадлежность (культурный признак) часто путают.

Расовая принадлежность определяется по антропологическим характеристикам. Это биологические
признаки. Евреи - это не раса, а этническая группа. Этническая принадлежность (также как и язык) - культурный признак, не биологические.

Найти гены, связанные с расовыми признаками (цветом кожи, формой черепа) возможно. Определить этническую принадлежность по генам невозможно. Гены НЕ ОПРЕДЕЛЯЮТ культурные признаки. Хотя из-за того, что люди чаще вступали в брак с теми, кто принадлежал к той же этнической группе, эти группы были частично изолированы (в отношении брачной системы) от других. Между изолированными группами накапливаются случайные различия. Поэтому можно определить, что предки человека имеют гены, наиболее часто встречающиеся в какой-то
конкретной этнической группе (или в нескольких группах). И тем самым установить его родство с этими группами. При этом совершенно не обязательно он будет иметь ту же этническую принадлежность. Может иметь и другую, и не знать язык своих предков, и жить совсем в другом
регионе, не там, где жили его прабабушки и прадедушки.

Вопросы Экспертам можно задать в Соц. сетях (см. ниже) или прислать в Редакцию.