Анатолий Клёсов. Потерянная логика. Часть 2

Введение, стр. 1824

Об этом и будет наше повествование. А именно, о том, как трудно пробить стену ангажированных исследований, которые «заточены» на якобы выход «анатомически современного человека» якобы из Африки, и что на самом деле показывают исследования, часто тех же авторов, но своеобразно ими интерпретируются.

Довод А. Клёсова об ангажированности несостоятелен.

Ниже сам А.Клесов подробно рассматривает статью Ребекки Канн с соавторами, в которой впервые было показано африканское происхождение человека на основе анализа накопления мутаций в митохондриальной ДНК. Статья была опубликована в 1987 году в журнале Nature, и вызвала волну обсуждений, в том числе критических. 

В интервью 2010 года Ребекка Канн рассказывает, что идея африканского происхождения Homo sapiens вовсе не была принята без споров.  За выходом статьи последовали резкие критические отзывы. Лишь со временем, после появления множества исследований, проверявших различные сценарии расселения человека современного анатомического типа, африканская гипотеза была принята большей частью научного сообщества.

Тем не менее, статьи противников концепции африканского происхождения публиковались и после появления статьи Ребекки Канн. Например, Milford Wolpoff, сторонник мультирегионального происхождения человека,  публиковал свои статьи в Science, и никто ему в этом не препятствовал [ссылка]. 

Из российских специалистов, сторонником полицентрической теории происхождении человека является, например, столь уважаемый ученый, как академик РАН Анатолий Пантелеевич Деревянко, что не мешает ему быть директором Института археологии и этнографии СО РАН.

Там же

Стена к тому же цементируется идеологическими соображениями, по которым надо любой ценой показать «африканское происхождение человека», а кто находит другие данные и проводит другие интерпретации, тот «расист».

А. Клесов не приводит никаких ссылок, показывающих,  что исследователей, пытающихся обосновать внеафриканское происхождение человека, называют расистами.

Никаких подтверждений существования в научной среде идеологических соображений, требующих, чтобы человек происходил из Африки, также нет ни в рассматриваемой статье, ни в других доступных текстах А.Клёсова.

Если такие явления имеются, пусть А.Клёсов приведет примеры со ссылками на первоисточник.

Там же

... практически все статьи ангажированных исследователей, а это большинство популяционных генетиков, начинаются фразой «Как известно, анатомически современный человек вышел из Африки». То есть установка идет с самого начала. Это резко повышает вероятность публикации статьи в академическом издании.

Ниже – несколько примеров, взятых из названий академических статей, или из первых фраз вступлений в статьи:

- “Происхождение человека: выход из Африки” (название статьи;Tattersal , 2009)

- “Эволюция человека и выход из Африки” (из названия статьи; Stewart and Stringer, 2012)

- “Африканское происхождение мужского (генетического) разнообразия” (из названия статьи; Cruciani et al, 2011)

- “Африканское происхождение современных людей Восточной Азии” (из названия статьи; Ke et al, 2001)

- “…анатомически современные люди прибыли в Европу из Африки по меньшей мере 45 тысяч лет назад, вслед за распространением людей из Африки” (Moorjani et al, 2011)

- “Полагают, что современные люди произошли в восточной Африке” (Henn et al, 2011)

- “Общепризнано, что анатомически современные люди произошли в Африке” (Hammer et al, 2011)

- “Африка, прародина всех современных людей” (Lachance et al, 2012)

- “…расхождение анатомически современных людей из Африки было примерно 44 тысячи лет назад” (Underhill et al, 2000)

- “Современные люди произошли в Африке примерно 200 тысяч лет назад” (Campbell and Tishkoff, 2010)

- “…Анатомически современные люди произошли из небольшой изолированной популяции в Африке 150-200 тысяч лет назад” (Patin et al, 2009)

- “Суб-Сахара и северо-восточная Африка – наиболее вероятные регионы происхождения человека и коридор в остальной мир” (Arredi et al, 2004)

- “расхождение человека началось в Африке” (Ramachandran et al., 2005).

Вопреки утверждениям А.Клёсова, вероятность публикации в академических исследованиях не связана с какими-либо специальными фразами в начале статьи. В большинстве случаев она обусловлена  качеством работы, логичностью и обоснованностью доводов.

В научных публикациях считается хорошим стилем выносить в заголовок основной результат. Совершенно естественно, что в статьях, в которых благодаря новым данным подтверждалась африканская прародина, включали этот вывод в название.

В приведенном фрагменте текста используется характерный для А.Клёсова прием цитирования научных работ. Дело в том, что при оценке научного труда принято учитывать знание литературы по теме исследования. Статья А. Клёсова сопровождается солидным списком цитирования работ предшественников. Однако, во множестве случаев цитирования эти производятся «оптом», без рассмотрения содержания самих работ, того, что было внесено ими в изучаемую область. Из 60 с лишним публикаций, представленных в списке литературы, более половины процитированы А.Клесовым именно таким образом, «оптовым списком» на стр. 1824 и на стр. 1832-1833. Остается неясным, знает ли автор, о чем идет речь в этих статьях, или просто выхватил из заголовков  фразы, которые его интересовали.

Стр. 1825

общий предок современного человека и неандертальца ...  получается, что в Африке тоже не жил.

К тому же у неандертальца была светлая кожа, и на этом мы остановимся ниже. Поэтому африканское происхождение современного человека требует прибытия светлокожего непосредственного предка человека в Африку, скажем, 500-300 тысяч лет назад, далее было самостоятельное, эволюционное приобретение им черной кожи, иначе в Африке не выжить, а потом выход его из Африки и обратное самостоятельное превращение черной кожи в светлую.

Цвет кожи неандертальца не имеет отношения к определению прародины современного человечества, на что уже обратили внимание С.Дробышевский и А. Соколов. 

Описанный А.Клёсовым сценарий перемещений предков «современного человека» между Евразией и Африкой  свидетельствует о полном незнании автором генетики кожной пигментации.

Светлая кожа определяется мутациями в генах, определяющих синтез пигментов. Такие мутации накопились у жителей Европы и Азии. Причем в популяциях европейского и азиатского происхождения эти мутации разные.   

Современные методы генетики позволяют установить, какой вариант гена является предковым, исходным, а какой - производным, появившимся в результате мутаций. Было показано, что светлая кожа человека обусловлена именно накоплением мутаций, а темная кожа – исходный вариант.

На примере гена MC1R можно ознакомиться с распределением мутаций в европейских, азиатских и африканских популяциях (см. обзор Makova K., Norton H. Worldwide polymorphism at the MC1R locus and normal pigmentation variation in humans. Peptides. 2005. 26(10):1901-8. Ген MC1R  кодирует белок-рецептор меланокортина, ключевой регулятор синтеза пигмента. C его описанием можно ознакомиться здесь и более подробно на английском здесь).

Интересно, что у африканцев очень мало мутаций в гене MC1R. То есть мутации в этом гене у них найдены, но они не влияют на функции гена (не ведут к замене аминокислоты в белке и изменению функций белка).  А у жителей Европы и Азии многие мутации в этом гене меняют функции белка, что ведет к снижению синтеза темного пигмента. Важно, что у африканцев европейские и азиатские мутации не выявлены, у них по всем этим «мутантным позициям» - предковое состояние генов.

Поэтому описанный А.Клёсовым сценарий требует совершенно фантастической последовательности событий. Прибытие «светлокожего непосредственного предка человека в Африку» и его потемнение должно было сопровождаться возвратными мутациями по всем генам, которые ранее уже промутировали для обеспечения светлой кожи европейцев и азиатов.

Если же А.Клёсов будет утверждать, что первопредок перед походом из Евразии в Африку еще не накопил тех мутаций, которые есть у современных светлокожих европейцев и азиатов, то придется признать, что он уже в Евразии был темнокожим. 

Стр. 1825-1826

В общем, до середины 1980-х об африканском происхождении современного человека говорить было не очень серьезно. Но потребность в этом «в определенных научных кругах» или, точнее, среди ученых определенного либерального мировоззрения, явно назревала, иначе не объяснить последующее развитие событий. А произошло то, что в 1987 году в журнале Nature была опубликована статья Ребекки Канн с соавторами из Калифорнийского университета, Беркли, под названием «Митохондриальная ДНК и эволюция человека».

Статья весьма слабая не только по современным критериям, но и по тогдашним, и можно только удивляться, как статья прошла рецензии.Достаточно упомянуть, что в Абстракте, предваряющем статью,сообщалось, что изученные авторами митохондриальные ДНК происходят от одной женщины, которая, «как было постулировано» (!),жила примерно 200 тысяч лет назад, «предположительно» (!) в Африке.

Вот фраза в абстракте статьи Cann et al., 1987, которую пытается изложить своими словами А.Клёсов и в которой якобы «было постулировано» нечто заранее заданное:

All these mitochondrial DNAs stem from one woman who is postulated to have lived about 200 000 years ago, probably in Africa  (стр. 31).

Удивительно: прожив многие годы в Америке, А.А.Клёсов не знает, что глагол to postulate имеет различные смыслы, в том числе «полагать, предполагать» (синоним: suppose -полагать, думать, считать, предполагать, допускать). В известном учебнике А.Л.Пумпянского «Чтение и перевод английской научной и технической литературы» дается образец перевода этого глагола: 

X is postulated as ...

Предпола­гают, что X ...

Таким образом, фраза в абстракте статьи переводится так:  «Все эти митохондриальные ДНК происходят от одной женщины, которая предположительно жила около 200 000 лет назад, вероятно в Африке».

Употребление терминов «предполагать» и «вероятно» в описании результатов статьи свидетельствует вовсе не о слабости статьи, а о стремлении авторов максимально точно сформулировать сделанные ими выводы. Они не считают африканское происхождение доказанным. В заключительном разделе они пишут, что необходимы более масштабные исследования для того, чтобы подтвердить (африканские) корни построенного ими древа и уточнить калибровку скорости дивергенции мтДНК человека.

Впоследствии такие исследования действительно были проведены и подтвердили африканское происхождение человека. Часть из них перечислена в «оптовых списках» А.Клёсова, так и не понявшего, что в них исследовано и какие результаты получены.

Стр. 1826

Экспериментальная часть статьи – определение нуклеотидной последовательности мтДНК из 147 женщин из пяти основных регионов: ...

Утверждение «определение ... мтДНК из 147 женщин» ошибочно.   В статье Р.Канн упоминается, что выделение ДНК производилось из плаценты, но пол обследованных не указан (желающие могут проверить самостоятельно по тексту статьи). 

В интервью Марка Стоункинга, соавтора Ребекки Канн, говорится, что даже если пол плода мужской, мтДНК он (плод) получил от матери (A.A. M'charek, PhD thesis. Amsterdam, 2000, стр. 118, полный текст).

Это значит, что в изученной группе были представлены оба пола, а вовсе не то, что мтДНК была получена «из женщин».

Для понимания сути дела несущественно, выделена мтДНК из плаценты мужского плода или женского. Однако «вписывание» А.Клёсовым отсутствовавшей в исходном тексте детали демонстрирует его небрежность в изложении исследования.

Стр. 1827

Далее провели попарные сопоставления полученных фрагментов ДНК между всеми 147 участницами, и нашли, что эти попарные различия варьируются от нуля до 1.3 мутаций на каждые 100 нуклеотидов (0 до 1.3% различий), с общей усредненной величиной 0.32% различий. Но надо было показать, что эти различия больше всего у африканцев, поэтому все пять популяций подразделили на кластеры, исходя из групп попарных различий в каждой популяции. Получилось, что

- 46 европейских мтДНК расходятся на 36 кластеров,

- 34 азиатских мтДНК расходятся на 27 кластеров,

- 21 австралийских мтДНК расходятся на 15 кластеров,

- 26 мтДНК из Новой Гвинеи расходятся на 7 кластеров

- а 20 африканских мтДНК определили в один кластер...

А.Клёсов опять не смог разобраться в английском тексте.

Для определения уровня различий внутри популяций (африканской, европейской, азиатской, австралийской, новогвинейской) попарно сравнили все мтДНК внутри каждой группы, затем выводили среднее для уровня различий (см пояснения выше).

При этом популяции на кластеры не подразделяли (результаты представлены в табл. 1,  из которой видно, что никаких кластеров внутри популяций нет).  

Различия мтДНК внутри популяций показаны на диагонали в табл. 1.

Повторим: никаких специальных ухищрений для того, чтобы показать генетическое разнообразие африканцев, не требовалось. Оно  получилось в результате простых арифметических подсчетов числа различий между мтДНК. 

Стр. 1827

- а 20 африканских мтДНК определили в один кластер, постановив, что раз человечество вышло из Африки, то там должен быть всего один кластер. Так и записали в примечании к таблице в статье, где у всех указано много кластеров, а у африканцев всего один. Если кто понимает, что сделали авторы статьи, то желание читать дальше уже пропадает.

Потому что дальше авторы стали определять, какая популяция старше других, для того на кластеры и разбивали. Но фокус был в том, что возраст каждой популяции расчитывали из разнообразия МЕЖДУ кластерами внутри каждой популяции, а у африканцев он автоматически был задан самый большой, потому что у них кластер всего один. У всех разнообразие гасилось в каждом кластере, а у африканцев ничего не гасилось, кластер – один.

Здесь А.Клёсов описывает таблицу 2 из статьи Cann et al. 1987.  Однако он не удосужился прочесть текст статьи и разобраться, с какой целью популяции разделили на кластеры, и что же за кластер указан напротив слова «Африка» в этой таблице.

Поясняем: кластеры выделялись для расчета времени древних миграций.

В частности, для оценки времени  миграции из Африки был выделен самый древний кластер мтДНК, который не содержит африканских мтДНК.  На рисунке 3 мы отметили этот кластер красной скобкой. Именно оценка разнообразия внутри этого кластера, не содержащего африканские мтДНК, стоит в табл. 2 напротив слова «Африка». Это цифра 0.36%.

Еще раз другими словами. Этот кластер выделили не для того, чтобы оценить насколько сильно все африканские мтДНК отличаются друг от друга (это уже оценили в табл. 1), а для того, чтобы оценить время первой миграции из Африки. 

Стр. 1827

Так и получилось, вот «разнообразия» по кластерам:

-- Африка 0.36%   ...

Далее авторы перевели эти «разнообразия» в хронологические показатели, а именно в года, когда эти территории были впервые заселены.

. . .

Отсюда авторы статьи вычислили средний «возраст» кластеров в популяция:

-- Африка 90-180 тысяч лет ...

Подобным же образом авторы рассчитали, что общий предок всех мтДНК жил 143-285 тысяч лет назад, а поскольку общий предок всех африканских мтДНК жил, по их расчетам, 90-180 тысяч лет назад, то есть древнее всех (хотя и пересекается по возрасту в пределах погрешности расчетов), стало быть, тогда же он и вышел из Африки.

Замечаете подмену понятий?

Как пояснялось выше, цифра 0.36%, стоящая в табл. 2, и соответствующая ей дата 90 000 - 180 000 лет, относятся вовсе не к «общему предку всех африканских мтДНК», а наоборот, к выходу из Африки, то есть к кластеру мтДНК, в котором африканских мтДНК нет.

Чтобы читатели убедились, насколько Клёсов не понимает (или искажает) смысл статьи, приведем здесь полную цитату из статьи Cann et al. 1987:

When did the migration from Africa take place? The oldest of the culsters of mtDNA types to contain no African members stems from ancestor c and included types 11-29 (Fig. 3). The apparent age of this cluster ... is 90 000 - 180 000 years. Its founders may have left Africa at about that time...

Перевод:

Когда произошла миграция из Африки? Наиболее древний кластер мтДНК, не содержащий африканских членов, происходит от предка  с и включает типы 11-29 (рис. 3).  Возраст этого кластера ... 90 000 - 180 000 лет. Его основатели могли покинуть Африку примерно в это время...

Любой знающий английский язык читатель легко заметит подмену понятий, с помощью которой А.Клёсов пытается представить исследование как бессмысленное.

Расчет времени жизни общего предка всех мтДНК проведен для ветвей, сходящихся в точке, указанной стрелкой  на рис. 3 (см. выше). Он составил 143-285 тысяч лет назад. Как можно убедиться из рис. 3, это одновременно общий предок и всех африканских мтДНК, и никакого другого общего предка для них найти невозможно, поскольку  к нему восходят две ветви, содержащие африканские мтДНК.  Одна ветвь  -  чисто африканская, та самая, которая отделилась первой (ее потомки отмечены на рис. 3 синей скобкой), вторая - та, которая содержит африканские мтДНК среди прочих (все остальные ответвления древа). 

Стр. 1828

Вот с этой статьи все и началось. Повторяю, что я ума не приложу, как такая статья смогла пройти рецензентов и быть опубликована в журнале Nature, с этими «постулируется» и «вероятно», и при отсутствии каких-либо данных о выходе современного человечества из Африки, но именно так эта статья и стала восприниматься и средствами информации, и в популяционной генетике, а оттуда и в науке и среди обывателя – что, значит, неопровержимо доказано, что современный человек вышел из Африки. Других генетических доказательств фактически не было, да и зачем? Все ведь уже доказано, не так ли?

В отличие от того, что пишет А.Клёсов, авторы статьи не считали, что их работа однозначно доказывает африканское происхождение человечества. Как уже упоминалось выше, в заключении статьи Cann et al., 1987  указано, что необходимы более широкие исследования.

Если бы А.Клёсов сначала приложил свой ум к пониманию текста статьи, потом ему не пришлось бы гадать, как статья смогла пройти рецензентов в журнале Nature.

За прошедшее с 1987 года время появилось множество работ, обсуждавших концепцию африканского происхождения. В настоящее время она принята большинством ученых потому, что наилучшим образом объясняет полученные новые данные, в том числе и результаты исследований не отдельных фрагментов, а полных последовательностей нуклеотидов мтДНК (построенные по ним деревья гораздо точнее), а также  мтДНК из древних останков.

Например:

Behar DM, van Oven M, Rosset S, Metspalu M, Loogv?li EL, Silva NM, Kivisild T, Torroni A, Villems R. A "Copernican" reassessment of the human mitochondrial DNA tree from its root.  Am J Hum Genet. 2012. 90(4):675-84. [ссылка]

Fu Q, Mittnik A, Johnson PLF, Bos K, Lari M, Bollongino R, Sun C, Giemsch L, Schmitz R, Burger J, Ronchitelli AM, Martini F, Cremonesi RG, Svoboda J, Bauer P, Caramelli D, Castellano S, Reich D, P??bo S, Krause J. A revised timescale for human evolution based on ancient mitochondrial genomes". Current Biology. 2013. 23 (7): 553–559. [ссылка]